授课题目

授课内容

第一天

生物信息学导论

1．生物信息学发展简史（重点讲解）
2．生物信息学主要研究领域（重点讲解）
3．生物信息学软件和工具
4．生物信息学重要会议

生物信息学基础（上机操作）

1、linux基础
掌握Linux系统下的常用命令(重点)
掌握linux环境下软件的安装使用
了解shell脚本的编写
2、perl基础
介绍Perl 的基本元素
Perl在生物信息中应用示例(DNA复制、DNA转录、RNA翻译)

第二天

二代测序技术原理及基因组拼接

1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理
2、主要操作流程及特点
3、序列拼接的技术方法
4、常用软件及全基因组个性化组装的技巧

基因组拼接组装（以细菌/病毒为例）（上机操作）

1、全基因组组装的流程介绍
2、原始测序数据的预处理
3、分别介绍Velvet和SOAPdenovo的使用，并以一株细菌的测序数据为例进行组装
4、介绍Newbler的是使用，并以一个IonTorrent测序的噬菌体数据为例进行组装
5、以细菌的数据为例,介绍填补gap的方法，包括延伸法，局部拼接法

第三天

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用
2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识

基因组重测序数据分析实例（上机操作）

1、对二代测序数据的解读
2、数据质量控制及数据过滤
3、使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化（重点讲解）
4、寻找SNP和Indel并进行注释（重点讲解）
5、寻找结构变异并对变异进行注释（重点讲解）

第四天

转录组测序与数据分析

1、转录组基本概况和技术发展简介
2、转录组技术流程及技术细节（重点讲解）
3、转录组应用案例

转录组数据分析实例（上机操作）

1、转录组数据准备和软件介绍及安装
2、转录组数据的比对（重点讲解）
3、表达量估计和分析（重点讲解）
4、后续功能分析简介

第五天

microRNA测序与数据分析

1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义
2、microRNA的生物学过程（重点讲解）
3、microRNA的测序（重点讲解）
4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解）
5、microRNA目前的挑战以及将来的研究前景
6、microRNA测序数据分析案例展示（重点讲解）
7、近期文献

microRNA数据分析实例（上机操作）

1、microRNA测序数据预处理（重点讲解）
2、测序数据长度分布计算
3、microRNA的预测（重点讲解）
4、microRNA碱基偏好性计算
5、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解）

蛋白结构与互作分析

PyMol,Cytoscape