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首页 > 商务会议 > IT/技术会议 > GROMACS分子动力学模拟暑假实战培训(8月在线直播+杭州线下课) 更新时间:2020-07-07T14:10:49

GROMACS分子动力学模拟暑假实战培训(8月在线直播+杭州线下课)
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GROMACS分子动力学模拟暑假实战培训(8月在线直播+杭州线下课) 已过期

会议时间:2020-08-01 09:00至 2020-08-17 16:30结束

会议地点: 线上活动  详细地址会前通知  

会议规模:30人

主办单位: 北京软研国际信息技术研究院

发票类型:增值税专用发票 增值税普通发票
领取方式:现场领取 会前快递 会后快递 
发票内容: 会议费 会务费 会议服务费 技术培训费 培训费 资料费 咨询费 
参会凭证:现场凭电话姓名参会 报名联系唐老师:18618288284

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        会议通知

        会议内容 主办方介绍


        GROMACS分子动力学模拟暑假实战培训(8月在线直播+杭州线下课)

        GROMACS分子动力学模拟暑假实战培训(8月在线直播+杭州线下课)宣传图

        关于举办“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”线上+线下暑期实战培训的通知

        各有关单位:

        分子动力学模拟软件GROMACS的应用广泛、功能强大、用户友好,能够满足几乎所有常见的原子体系模拟需要,而且免费开源。采用GROMACS进行分子动力学计算分析从而指导进一步的实验工作,预测理论结果。不论你从事计算化学,生物医学或其他领域研究, 理解并实践分子模拟都能给你一些新的的思考方式,增强你对新问题的分析力与洞察力。

        为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作,确保广大师生的身体健康和生命安全,根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》,各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学,确保“停课不停教、不停学”。应新老客户的科研需求,北京软研国际信息技术研究院特举办“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”线上+线下暑期实战培训,本次培训由互动派(北京)教育科技有限公司具体承办,具体相关事宜通知如下:

        一、培训特色:

        本次暑期课程共计4天,2天在线教学及2天线下实训;小班授课,对知识进行由浅入深,层层递进,系统讲解,配合案例解析边讲边练,让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作;在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求;课堂上建立专属班级交流平台,学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题,巩固学习内容。

        二、 时间地点:

        2020年8月1日-8月2日         在线直播(授课2天)

        2020年8月16日-8月17日       线上/杭州(授课2天)

        备注:结合疫情发展状况及各省各高校实行的限制出入政策,若线下开班时间学员不能如期出行,则2天线下课程内容转为该时间段的线上教学,特此说明!后期本人还可再免费参加一次课程。


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        会议日程

        (最终日程以会议现场为准)


        培训课表:

        GROMACS分子动力学模拟技术与应用”暑期培训班(第十期)大纲

        课  程

        内   容

        分子动力学模拟基础

        1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍

        1.1统计力学基本假设

        1.2统计概率

        1.3配分函数的定义

        1.4系综简介和选择

        1.5分子动力学的概念

        1.6主要算法介绍:最速下降法、共轭梯度法

        1.7积分步长的选取

        1.8温度和压力控制

        1.9周期性边界条件

        1.10分子动力学模拟流程

        GROMACS入门操作

        2 GROMACS入门操作基础

        2.1 Linux环境介绍

        2.2 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令

        2.3 Linux并行操作方法

        2.4 OpenMP内存贡献并行介绍

        2.5 MPI分布式并行介绍和环境搭建

        2.6 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法,针对自己体系编译软件

        2.7 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍

        2.8 GROMACS基本算法介绍

        2.8 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式,为以后创建自己体系做准备

        OPLS为例,力场的各种参数说明

        GROMACS建模

        方法

        3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础

        3.1 Packmol,GaussView,vmd等建模软件的使用

        3.2 建立各种体系模型

        混合模型、界面模型、球体模型等

        3.3 小分子各种力场TOP文件的建立,x2top, prodrg, ATB

        itp, top的结构以及参数说明

        3.4 建立均相、多相体系

        3.5 如何修改力场参数

        GROMACS初级

        分析工具讲解

        3 GROMACS分析工具——掌握基本数据分析——使学员具备问题解决能力

        3.6 LJ流体,甲烷,水纯物质模拟

        3.7 模拟轨迹分析(trajectory,sasa,rdf,freevolume等)

        3.8 生成拓扑结构和坐标文件(editconf,genconf,pdb2gmx等)

        3.9 模拟能量分析(energy,enemat等)

        3.10 系统动态结构分析(cluster,confrms,midist等)

        3.11 空间分布性质(gyrate,msd,rdf,traj等)

        3.12 分子结构分析(hbond,order,principal,spol等)

        3.13 静电作用分析(dielectric,dipoles,potential等)

        3.14 介面作用分析(density,densmap,h2order等)

        3.15 光谱学分析(anaeig,nmeig等)

        GROMACS算例

        4 GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程

        4.1 纯相、多相混合体系模拟计算

        冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等

        乙醇等极性溶剂

        石油化工领域等、聚合物分子等

        4.2 界面模拟计算

        气液界面、固液界面、油水界面

        表面活性剂的界面模拟

        4.3 物理场下的模拟计算

           静电场、微波场、高斯脉冲场

        4.4 石墨烯、纳米管的模拟

        复杂体系建模分析(一)

         

        5 伞形采样——计算结合自由能

        5.1 创建一系列反应路径分子构型

        5.2 提取模拟间隔质心轨迹

        5.3 模拟每个构型的伞形采样

        5.4 柱状图分析计算结构自由能

        6 药物分子开发溶剂筛选

        6.1 介绍热力学积分方法

        6.2 构建药物分子模型

        6.3 建模药物分子溶解在水相,油相和醇相

        6.4 计算不同相态下的分配系数

        6.5 快速预测药物分配系数方法

        7 固/晶体建模仿真

        7.1 固/晶体结构建模

        7.2 插入溶剂分子

        7.3 模拟系统达平衡

        7.4 分析固/晶体结构变化

        8 磷脂双分子层生物膜建模

        8.1 磷脂分子结构建模

        8.2 磷脂双分子层建模

        8.3 模拟水通道(蛋白、多肽、高分子、碳纳米管等)

        8.4 插入溶剂分子

        8.5 模拟系统达平衡

        8.6 分析溶剂分子扩散速率

        9 讨论学员感兴趣的相关问题

        复杂体系建模分析(二)

         

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        会议嘉宾

        (最终出席嘉宾以会议现场为准)


        主讲老师:

            现在武汉高校任教,博士,特聘教授。长期从事分子热力学、分子模拟、化学反应动力学、材料力学性能预测等相关研究 (由于涉及到老师信息,本名不方便透露,上课时会做介绍)

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        参会指南

        会议门票


        报名费用:  

        每人¥3600元(含报名费、培训费、资料费)

        优惠一:7月20日前汇款可享受200元优惠(仅限前八名);

        优惠二:本人同时报多个课程,每个课程可享受300元学费优惠;

        【注】1、开课前一周会务组统一通知;开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。如未收到请及时咨询!

              2、暑期同时开设的相关课程:
        《计算机辅助药物设计技术与应用》https://www.huodongjia.com/event-72071767.html
        《COMSOL Multiphysics多物理场仿真技术与应用》 http://www.huodongjia.com/event-588160905.html
        《理论计算化学基础暨Gaussian入门+进阶实战》http://www.huodongjia.com/event-741216670.html
        GROMACS分子动力学模拟暑假实战培训》https://www.huodongjia.com/event-649825254.html

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        温馨提示
        酒店与住宿: 为防止极端情况下活动延期或取消,建议“异地客户”与活动家客服确认参会信息后,再安排出行与住宿。
        退款规则: 活动各项资源需提前采购,购票后不支持退款,可以换人参加。

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