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国科学院亚热带农业生态研究所的前身是中国科学院桃源农业现代化研究所，成立于1978年6月19日。1979年从湖南省桃源县迁至湖南省会长沙，并更名为中国科学院长沙农业现代化研究所。2002年5月，研究所整体进入中国科学院知识创新工程试点序列，其学科方向调整为亚热带复合农业生态系统生态学。2003年10月更名为中国科学院亚热带农业生态研究所。
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